Après le suicide de sa meilleure et unique amie, Koito Nagase, Ai Ooto se retrouve aux prises avec sa nouvelle réalité. N’ayant plus rien à vivre, elle suit les instructions d’une entité mystérieuse et est contrainte d’acheter un œuf, ou plus précisément un Wonder Egg. En brisant l’œuf dans un monde qui se matérialise pendant son sommeil, Ai est chargé de sauver les gens des adversités qui se présentent à eux. Ce faisant, elle croit qu’elle a fait un pas de plus pour sauver sa meilleure amie. Avec cette opportunité dangereuse mais tentante dans les paumes de ses mains, Ai entre dans un endroit où elle doit reconnaître la relation entre les démons des autres et les siens. Alors que les traumatismes passés, les regrets inoubliables et les peurs innées éclosent dans le monde bizarre de Wonder Egg Priority, une jeune fille découvre les différentes luttes intérieures qui tourmentent l’humanité et les sauve de leurs pires peurs.