Un lycéen solitaire se voit confier le travail à temps partiel d’une vie en tant que ninja moderne chargé d’effectuer des assassinats internationaux. Après la Seconde Guerre mondiale, le commandement allié au Japon a créé une nouvelle agence pour aider à gérer le terrorisme et la violence dans la région du Pacifique. L’agence était dotée de ninja et ils ont été initialement chargés de gérer les affaires intérieures. Finalement, ce programme a pris sa forme actuelle, gérant 20000 ninjas dans un éventail d’affaires nationales et internationales. Un de ces ninjas se trouve être Kudo. Le perdant de dix-sept ans du lycée est maintenant sur le point d’être la prochaine ligne de défense contre une augmentation potentielle d’assassins étrangers envahissant Tokyo.