À l’aube du XXIe siècle, la magie, longtemps considérée comme un folklore et des contes de fées, est devenue une technologie systématisée et enseignée en tant que compétence technique. Dans la première école secondaire, l’établissement pour magiciens, les élèves sont répartis en deux groupes selon leur note aux examens d’entrée : « Les Blooms », ceux qui obtiennent une note élevée, sont affectés au premier cours, tandis que « Weeds » sont des réservistes affectés au deuxième cours. Mahouka Koukou no Rettousei suit les frères et sœurs, Tatsuya et Miyuki Shiba, qui sont inscrits au premier lycée. Après avoir passé l’examen, le prodigieux Miyuki est placé dans le premier cours, tandis que Tatsuya est relégué au deuxième cours. Bien que ses résultats aux tests pratiques et son statut de « Weed » montrent qu’il est magiquement inapte, il possède des connaissances techniques extraordinaires, des capacités de combat physiques et des techniques magiques uniques — ce qui fait de Tatsuya l’irrégulière dans un lycée magique.