L’excentrique et soi-disant scientifique fou Rintarou Okabe est devenu une coquille de son ancien moi. Déprimé et traumatisé après avoir échoué à sauver son ami Makise Kurisu, il a décidé d’abandonner son alter ego scientifique fou et de vivre comme un étudiant ordinaire. Entouré d’amis qui ne connaissent pas bien ses expériences de voyage dans le temps, Okabe passe ses journées à essayer d’oublier les horreurs de ses aventures seul. Alors qu’elle travaille comme réceptionniste dans un forum technologique universitaire, Okabe rencontre le petit et courageux Maho Hiyajo, qui Il se révèle plus tard être l’interprète de la présentation du forum, dirigée par le professeur Alexis Leskinen. Devant une foule stupéfaite, Alexis et Maho dévoilent Amadeus, une IA révolutionnaire capable de stocker les souvenirs d’une personne et de créer une simulation parfaite de cette personne avec sa personnalité et ses bizarreries. Rencontre avec Maho et Alexis après la présentation, Okabe apprend que les deux étaient des collègues de Kurisu à l’université, et qu’ils l’ont simulée dans Amadeus. Engagé par Alexis pour étudier le comportement de la simulation, Okabe a la chance d’interagir avec l’ombre d’un ami cher et perdu depuis longtemps. Dangereusement emmêlé dans le passé, Okabe doit faire face à la dure réalité et manœuvrer avec précaution pour contourner les conséquences désastreuses qui viennent avec perturbation du flux naturel du temps.