Fuu Kasumi est une jeune serveuse maladroite qui passe ses journées paisiblement dans une petite maison de thé. Jusqu’à ce qu’elle renverse un verre sur un de ses clients ! Avec un groupe de samouraïs qui la harcèlent sans cesse, Fuu fait appel désespérément à un autre samouraï dans la boutique, Mugen, qui les bat rapidement avec sa technique de combat sauvage, utilisant des mouvements qui rappellent celui du breakdance. Malheureusement, Mugen décide de choisir un combat avec le ronin Jin, qui manie un style plus précis et traditionnel de l’espadon, et ce dernier s’avère être un adversaire redoutable. Le seul problème est qu’ils finissent par détruire tout le magasin et tuer accidentellement le fils du magistrat local. Pour leur crime, les deux samouraïs sont capturés et mis à exécution. Cependant, ils sont secourus par Fuu, qui engage le duo comme ses gardes du corps. Bien qu’elle n’ait plus d’endroit où retourner, l’ancienne serveuse souhaite trouver un certain samouraï qui sent le tournesol et fait appel à l’aide de la paire maintenant exonérée pour le faire. Bien qu’ils désapprouvent d’abord cette idée, les deux finissent par accepter d’aider la jeune fille dans sa quête; ainsi, le trio se lance dans une aventure pour trouver ce mystérieux guerrier, c’est-à-dire si Fuu peut empêcher Mugen et Jin de s’entretuer. Dans une autre période d’Edo au Japon, Samurai Champloo suit le voyage de ces trois individus excentriques dans une quête épique pleine d’action, de comédie et de combats d’épée dynamiques, le tout au rythme d’une bande sonore hip-hop unique.