Ren Amamiya, un nouvel étudiant transféré à l’académie Shujin, est envoyé à Tokyo pour vivre avec son ami de la famille Sojiro Sakura après avoir été mis en probation par erreur pour défendre une femme d’agression sexuelle. Alors qu’il se rend à son premier jour de cours dans sa nouvelle école, Ren remarque une application étrange qui apparaît sur son téléphone et le transfère dans un monde connu sous le nom de Métavers, qui contient les "ombres" des gens : des représentations déformées de leur vrai moi. Dans le métavers, il éveille son Persona, un pouvoir profond qui lui donne la force de combattre les ombres. Avec l’aide d’étudiants ayant des problèmes similaires, il forme les Voleurs de Cœurs Fantômes, essayant de sauver les gens de leurs désirs pécheurs en "prenant leur cœur", faisant regretter leurs actions et tourner une nouvelle page. La réputation du groupe continue de croître de façon explosive, apportant avec elle une renommée à la fois positive et négative. Cependant, au plus fort de leur popularité, Ren est capturé et mis en détention. Ici, il se réveille à un interrogatoire sévère, mais l’arrivée de Sae Niijima, un procureur qui cherche des réponses, fait obstacle. Comment réagira-t-elle à son histoire, et que deviendra-t-il des Voleurs fantômes ?