Au fur et à mesure que la guerre des machines progresse, le commandement YoRHa et la résistance se préparent pour un assaut décisif final contre les "formes de vie des machines", les robots militarisés qui parcourent la surface de la terre. Pendant les préparatifs, YoRHa 9-gou S-gata "9S" et YoRHa 2-gou B-gata "2B" poursuivent leur mission de repérage avancée. Cependant, les 9S et les 2B luttent avec leurs rôles respectifs, leur loyauté mutuelle et leur loyauté envers le Commandement. Bien que les infâmes Adam et Eve aient été vaincus, il semble que les machines ne soient pas encore décomptées. Une présence sinistre sous la forme de la "Red Girl" continue d’observer les androïdes de loin, attendant l’occasion parfaite pour les attaquer.