Alors qu’ils continuent leur voyage à travers la région de Johto, Satoshi et ses amis visitent Altomare, une ville insulaire qui accueille un événement annuel appelé la course d’eau Pokémon. Tandis que Takeshi et Kasumi s’amusent, des choses étranges semblent arriver à Satoshi – il perd la course d’eau, voit certaines femmes attaquer une fille avec leur Pokémon, et malgré qu’elles la sauvent, la jeune fille nie plus tard avoir vu Satoshi et Pikachu avant! Heureusement pour Satoshi, sa confusion s’apaise lorsqu’il apprend que la fille qu’il a sauvée avec Pikachu était en fait une Pokémon nommée Latias, qui aime se déguiser en son ami humain, Kanon. Latias et un autre Pokémon, Latios, sont connus sous le nom de Pokémon Eon, car ils habitent et gardent Altomare avec une sphère bleue mystique appelée la Rosée des âmes. Une ancienne légende d’Altomare est étroitement liée au Pokémon Eon et à la Soul Dew, et bien connue des habitants de la région, ainsi que des agresseurs de Latias, les sœurs voleuses Zanner et Lyon. Lorsque les voleurs tentent de capturer à la fois le Pokémon Eon et le Soul Dew, Satoshi est forcé d’agir afin d’empêcher qu’ils ne portent le désastre à Altomare.