En raison de mauvais choix de mode de vie, le corps d’un certain humain est en constante agitation. Avec les germes, les bactéries et les substances étrangères abondent, le travail de diverses cellules devient de plus en plus difficile et dangereux. Comme certains des malheureux qui ont mûri dans cet environnement chaotique, Sekkekkyuu AA2153 et Hakkekkyuu U-1196 s’efforcent de remplir leurs fonctions — même si cela signifie voir beaucoup de leurs camarades de cellule perdre leur vie en service. Situé dans un environnement très différent de son histoire parente, Hataraku Saibou Black dépeint les luttes des cellules alors qu’elles tentent de maintenir la santé du corps. Cependant, la condition humaine continue de se détériorer, et la question de savoir si ces efforts seront concrets ou non dépend des cellules!