Poursuivant un alchimiste en fuite aux pouvoirs étranges, les frères Edward et Alphonse Elric trébuchent dans la vallée sordide du Milos. Les Milosiens sont un groupe opprimé qui cherche à récupérer leur terre sainte de Creta : un pays militariste qui a annexé leur nation avec force. Dans l’œil de la tempête politique se trouve une fille nommée Julia Crichton, qui souhaite avec insistance que les Milos retrouvent leurs forces et redeviennent une nation de paix. Se lier d’amitié avec la jeune fille, Edward et Alphonse se retrouvent au milieu d’une résistance croissante qui implique l’utilisation de l’objet même qu’ils cherchaient depuis le début : la pierre philosophale. Cependant, leurs expériences passées avec la pierre leur causent des réserves, et les frères ne veulent pas aider. Mais alors qu’ils découvrent les secrets derrière les intentions de Creta et son histoire douteuse, les frères sont entraînés dans la bataille entre le rebelle Milos, qui désire leur liberté, et l’armée crétoise, qui cherche le pouvoir absolu.