Edward Elric, un jeune et brillant alchimiste, a beaucoup perdu dans sa vie de douze ans : quand lui et son frère Alphonse tentent de ressusciter leur mère morte par l’acte interdit de la transmutation humaine, Edward perd son frère ainsi que deux de ses membres. Avec ses compétences d’alchimie suprême, Edward lie l’âme d’Alphonse à une grande armure. Un an plus tard, Edward, maintenant promu à l’alchimiste fullmetal de l’état, se lance dans un voyage avec son jeune frère pour obtenir la pierre philosophale. L’objet mythique légendaire est censé être capable d’amplifier les capacités d’un alchimiste à pas de géant, leur permettant ainsi de passer outre la loi fondamentale de l’alchimie : pour gagner quelque chose, un alchimiste doit sacrifier quelque chose de valeur égale. Edward espère puiser dans les ressources de l’armée pour trouver la pierre légendaire et restaurer son corps et celui d’Alphonse à la normale. Cependant, les frères Elric découvrent rapidement qu’il y a plus à la pierre légendaire qu’il n’y paraît, car ils sont conduits à l’épicentre d’une bataille beaucoup plus sombre qu’ils ne l’auraient jamais imaginé.