La Guerre du Saint Graal est une bataille royale entre sept mages qui servent de maîtres. Maîtres, grâce à l’utilisation des sceaux de commandement qui leur sont donnés lorsqu’ils entrent en guerre, commandent aux Esprits Héroïques connus sous le nom de Serviteurs de se battre pour eux au combat. Dans la Cinquième Guerre du Saint Graal, Rin Toosaka fait partie des mages entrant dans la compétition. Avec son Serviteur, Archer, elle espère obtenir le prix ultime : le Saint Graal, un artefact magique capable d’exaucer tous les désirs de son porteur. Un des camarades de classe de Rin, Shirou Emiya, entre accidentellement dans la compétition et finit par commander un Serviteur de son nom connu sous le nom de Sabre. Alors qu’ils se retrouvent face à des ennemis communs, Rin et Shirou décident de former une alliance temporaire pour défier leurs adversaires dans la guerre du Saint Graal.