La cinquième guerre du Saint Graal dans la ville de Fuyuki a atteint un tournant dans lequel la vie de tous les participants est menacée alors que l’ennemi caché se révèle finalement. Alors que Shirou Emiya, Rin Toosaka et Illyasviel von Einzbern découvrent la véritable nature corruptrice de l’ombre qui sévit dans toute la ville, ils se rendent compte à quel point la situation est désastreuse. Afin de protéger leurs êtres chers, le groupe doit se défendre contre la force ennemie apparemment insurmontable, même si certains de ces ennemis étaient autrefois leurs alliés, ou peut-être quelque chose de plus intime. Alors que l’acte final de cette guerre chaotique commence, les idéaux que Shirou croit être bientôt remis en question par un dilemme atroce : est-il vraiment possible de sauver un monde où tout semble avoir mal tourné?