La Guerre du Saint Graal : une bataille violente entre mages dans laquelle sept maîtres et leurs serviteurs invoqués se battent pour le Saint Graal, un artefact magique qui peut exaucer n’importe quel souhait du vainqueur. Il y a près de 10 ans, la bataille finale de la Quatrième Guerre du Saint Graal a fait des ravages dans la ville de Fuyuki et a fait plus de 500 morts, laissant la ville dévastée. Shirou Emiya, un survivant de cette tragédie, aspire à devenir un héros de la justice comme son sauveur et père adoptif, Kiritsugu Emiya. En dépit d’être seulement un étudiant, Shirou est jeté dans la cinquième guerre du Saint Graal quand il voit accidentellement une bataille entre les serviteurs à l’école et appelle son propre serviteur, Saber. Quand une ombre mystérieuse commence une folie meurtrière dans la ville de Fuyuki, Shirou s’aligne avec Rin Toosaka, un collègue participant à la guerre du Saint Graal, afin d’arrêter la mort d’innombrables personnes. Cependant, les sentiments de Shirou pour son ami proche Sakura Matou le mènent plus loin dans les sombres secrets entourant la guerre et les familles en conflit impliquées.