Après qu’un mystérieux enfer ait tué sa famille, Shirou est sauvé et adopté par Kiritsugu Emiya, qui lui enseigne les voies de la magie et de la justice. Une nuit, des années après la mort de Kiritsugu, Shirou fait le ménage à l’école, quand il se retrouve pris au milieu d’une rencontre mortelle entre deux surhumains connus sous le nom de Servants. Au cours de sa tentative d’évasion, le garçon est attrapé par l’un des serviteurs et reçoit une blessure mortelle. Miraculeusement, il survit, mais le même Serviteur revient pour finir ce qu’il a commencé. En désespoir de cause, Shirou convoque un de ses propres serviteurs, un chevalier nommé Saber. Les deux doivent maintenant participer à la Cinquième Guerre du Saint Graal, une bataille royale de sept Serviteurs et des mages qui les ont convoqués, le grand prix étant nul autre que le Saint Graal omnipotent lui-même. Fate/stay night suit Shirou alors qu’il lutte pour trouver la fine ligne entre un héros et un tueur, ses idéaux se heurtant à la dure réalité qui l’entoure. Le garçon deviendra-t-il un héros comme son père adoptif, ou mourra-t-il en essayant ?