Un enfer technologique déguisé en paradis, Tsukimihara Academy est un lycée artificiel qui sert de cadre à la prochaine guerre du Saint Graal. Créée par l’ordinateur Moon Cell, l’école est habitée par des âmes projetées par la Terre qui ont la moindre aptitude à être un "Maître". Avec tous les Maîtres sélectionnés, l’Académie active une purge, ciblant les formes de vie restantes pour élimination. Se réveillant dans une mare de son propre sang, Hakuno Kishinami refuse de mourir. Alimenté par des sentiments inconnus de haine, il jure de se battre pour sa survie. Alors qu’il lutte pour échapper à un poursuivant implacable, il trouve une lame cramoisie plongée dans le sol; et en la retirant, Hakuno invoque son propre serviteur, Saber, qui détruit instantanément son poursuivant dans une rafale de pétales de rose. Avec son nouveau pouvoir, Hakuno doit maintenant commencer son voyage vers le noyau de Moon Cell, l’Angelica Cage. Là, il dévoilera la raison de ce monde artificiel et les secrets de son propre passé ensanglanté.