Il est comme d’habitude dans la ville massive de Orario, où des légions d’aventuriers se rassemblent pour explorer le "Donjon" infesté de monstres. Avec l’aide de son demi-humain Liliruca Arde et du forgeron compétent Welf Crozzo, Bell a gagné le titre de Little Rookie en devenant l’aventurier d’Orario qui grandit le plus rapidement grâce à ses efforts dans les niveaux les plus profonds du donjon. Dungeon ni Deai wo Motomeru no wa Machigatteiru Darou ka II poursuit les aventures de Bell alors qu’il tente d’apporter la gloire à sa déesse et de protéger ceux qui lui sont chers. Cependant, diverses familles et dieux à travers la ville commencent à prendre note de ses réalisations et tentent de l’ajouter à leurs rangs.