Shinji Ikari est dans le coma après la mort d’un ami. Avec son fils mentalement incapable de piloter le robot humanoïde Evangelion Unit-01, le NERV de Gendou Ikari se bat contre l’organisation fantôme SEELE pour voir qui peut mettre en œuvre leur plan ultime en premier. Le SEELE désire créer un être divin en fusionnant leurs propres âmes en une unité évangélique, tandis que Gendou souhaite ramener toute l’humanité en un seul être primordial afin qu’il puisse être réuni avec Yui, sa femme décédée. SEELE déchaîne ses forces militaires dans une invasion mortelle du quartier général de la NERV. Alors que les forces de la SEELE abattent les scientifiques et le personnel de sécurité de la NERV, Asuka Langley Souryuu pilote l’unité Evangelion-02 dans un dernier combat désespéré contre les armes les plus lourdes de la SEELE. La bataille fait rage, et un Shinji déprimé se cache profondément dans le quartier général de la NERV. Le destin du monde étant entre les mains de Shinji, le capitaine Misato Katsuragi chasse l’adolescent alors que la société s’écroule autour d’eux.