Quinze ans après un cataclysme connu sous le nom de Second Impact, le monde fait face à une nouvelle menace : des êtres célestes monstrueux appelés "Anges" envahissent Tokyo-3 un par un. L’humanité est incapable de se défendre contre les Anges malgré l’utilisation de leurs munitions et tactiques militaires les plus avancées. Le seul espoir de salut humain repose entre les mains de NERV, une mystérieuse organisation dirigée par le froid Gendou Ikari. NERV opère des robots humanoïdes géants appelés "Evangelions" pour combattre les Anges avec des armes de pointe et des barrières de protection connues sous le nom de Absolute Terror Fields. Des années après avoir été abandonné par son père, Shinji Ikari, le fils de 14 ans de Gendou, retourne à Tokyo-3. Shinji subit une bataille interne perpétuelle contre le traumatisme profondément enfoui causé par la perte de sa mère et la négligence émotionnelle dont il a souffert aux mains de son père. Terrifié à l’idée de s’ouvrir à un autre, la vie de Shinji est changée à jamais après avoir rencontré Misato Katsuragi, 29 ans, un officier de haut rang de la NERV qui lui montre une bonté maternelle libre d’esprit qu’il n’a jamais connue. Une attaque dévastatrice d’Angel force Shinji à agir alors que Gendou révèle son véritable motif pour inviter son fils à Tokyo-3 : Shinji est le seul enfant capable de piloter efficacement l’Evangelion Unit-01, un nouveau robot qui synchronise ses données biométriques. Malgré le traumatisme psychologique brutal provoqué par le pilotage d’un Evangelion, Shinji défend Tokyo-3 contre la menace angélique, inconscient des sombres machinations de son père.