Z est accusé d'avoir volé les "Dyna Rocks", des armes censées avoir le pouvoir d'ébranler le Nouveau Monde. Le quartier général des Marines pense que Z est sur le point de s'en servir pour mettre fin à l'ère des pirates, et avec elle, à la vie de nombreux innocents. Dans la crainte d'un tel événement, les marines commencent à prendre des mesures contre l'ancien amiral. Quitte à tomber sur les marines et la marine, les Pirates du Chapeau de Paille décident de poursuivre Z et de l'empêcher de faire des ravages. Au fur et à mesure de leur périple, les pirates rencontrent de nouvelles connaissances et d'autres plus familières.