Après avoir appris que des îles d'East Blue étaient en train d'être détruites, Monkey D. Luffy et son équipage partent enquêter. Sur leur chemin, cependant, un étrange bateau pirate apparaît dans le ciel, dirigé par le tristement célèbre pirate Shiki "le Lion d'Or" - un homme qui a mangé le fruit de la flottaison et le premier prisonnier à s'être échappé d'Impel Down. Dans sa quête pour vaincre le Gouvernement Mondial, Shiki kidnappe Nami pour en faire sa propre navigatrice et envoie le reste des Pirates du Chapeau de Paille sur ses îles flottantes en tant qu'otages, laissant Nami face à un dilemme. Séparés sur une terre sous le contrôle absolu de Shiki, Luffy et son équipage doivent survivre sur un terrain mystificateur afin de ramener leur navigatrice et amie.