Nous sommes en 1999. Morioh, une ville normalement calme et paisible, est récemment devenue un foyer d'activités étranges. Jotaro Kujo, devenu biologiste marin, se rend dans cette ville mystérieuse pour y rencontrer Josuke Higashikata. Alors que les deux semblent être des étrangers au premier abord, Jousuke est en fait l'enfant illégitime du grand-père de Jotaro, Joseph Joestar. Lorsqu'ils se rencontrent, Jotaro se rend compte qu'il a peut-être plus en commun avec Josuke qu'un simple lien de parenté. Avec le doux Kouichi Hirose et le turbulent Okuyasu Nijimura, le groupe se consacre à l'enquête sur les récentes disparitions et autres événements suspects survenus à Morioh. Aidés par le pouvoir des Stands, les quatre hommes rencontreront le danger à chaque coin de rue, car c'est à eux de percer les secrets de la ville, avant qu'un autre ne se produise.