La saison 2 de Merlin a été diffusée à partir du 19 septembre 2009. Merlin continue de veiller sur le prince Arthur et de le protéger des dangers qui le menacent, mais au cours de l'attaque d'un sorcier sur Camelot, il se décide à aller demander de l'aide au Grand Dragon. Celui-ci accepte de l'aider à condition que le jeune sorcier le libère un jour.