Depuis plus de cent ans, une quête spéciale attend un magicien suffisamment qualifié pour la mener à bien. Sur le continent nord de Guiltina, il y a cinq dieux dragons immensément puissants qui possèdent une grande force destructrice qui ne peut être réprimée que par leur scellement. Natsu Dragneel et ses amis de la guilde Fairy Tail — Lucy Heartfilia, Gray Fullbuster, Erza Scarlet, Wendy Marvell et les surpassées Happy et Charlés — considèrent que c’est le défi parfait à relever. Les mages de la Fairy Tail ne sont pas les seuls à chercher les dieux des dragons. Diabolos, une guilde exclusive pour "Mangeurs de dragons", cherche à améliorer leur magie de Dragon Slayer en dévorant les dragons. Pendant ce temps, le nouveau membre de Fairy Tail, Touka, semble cacher quelque chose de sinistre à ses nouveaux compagnons et ses secrets pourraient causer un désastre à la guilde alors que ses plus forts sorciers sont absents.