Le salarié Rokurou Okajima passe ses journées à essayer de gravir les échelons de son entreprise, jusqu’au jour où une négociation commerciale en Thaïlande tourne mal. Pendant l’opération ratée, il est pris en otage par la Lagoon Company, une bande de mercenaires pirates impitoyables. Laissé aux caprices de ses ravisseurs après que ses responsables ont refusé de payer sa rançon, Rokurou fait l’impensable : au lieu de mendier pour sa vie, il rejoint l’équipage qui l’a enlevé. Désormais membre du groupe, Rokurou doit s’adapter à sa nouvelle résidence dans le paysage débauché de l’enfer connu sous le nom de Roanapur, une ville où la corruption et le crime sont endémiques, et même le moindre faux pas pourrait lui coûter la vie. Si ce n’est pour l’un des nombreux syndicats du crime de l’île, Rokurou se retrouve aussi constamment en désaccord avec son fringant collègue tireur d’élite, Revy. Alors que Rokurou lutte pour abandonner son passé — et avec plus que les profits de la Lagoon Company sur le tapis —, il doit rapidement trouver la détermination nécessaire pour prendre des décisions difficiles dans des situations de stress élevé tout en conservant son humanité intacte.