La comète du millénaire est sur le point de faire son apparition tant attendue dans le ciel, prétendument en accordant les souhaits de tous ceux qui la voient dans les cieux au-dessus d’eux. Bien sûr, Satoshi et ses amis sont également intéressés par le Festival du Millénaire, surtout lorsqu’ils assistent à une représentation magique du Grand Majordome. Encore plus intéressant est le mystérieux cocon en possession de Butler – d’où Masato entend une voix mystérieuse appeler ! Lorsque Jirachi sort de son sommeil, Masato a un nouvel ami – malheureusement, la comète du millénaire n’apparaît dans le ciel que pour quelques jours. Masato est impatient de profiter au maximum de son nouveau ami, mais le Grand Majordome a ses propres plans pour Jirachi, qui ne sont pas si amicaux. Il veut faire revivre le Groudon légendaire, et Jirachi pourrait être en mesure de réaliser ce souhait. Masato, Satoshi, Haruka et Takeshi peuvent-ils arrêter Butler et sauver Jirachi avant que Groudon ne réapparaisse pour régner sur la destruction de la terre ?