Serebii, un Pokémon légendaire connu pour sa capacité à traverser le temps, est traqué par un braconnier sans nom qui cherche à le capturer. Yukinari, un jeune dresseur de Pokémon qui aime dessiner des portraits de Pokémon, tente de protéger Serebii après qu’il l’ait trouvé ; mais au milieu de son évasion, les deux disparaissent sans laisser de trace. Quarante ans plus tard, l’ambitieux dresseur de Pokémon Satoshi espère voir des Pokémon rares dans sa région. White, un conducteur de bateau, emmène Satoshi dans son village. Satoshi est accompagné de ses trois amis les plus proches : Takeshi, ancien chef de gymnase qui s’entraîne pour devenir un excellent éleveur de Pokémon ; Kasumi, une jeune fille qui veut devenir un dresseur de type Eau ; et Pikachu, le partenaire Pokémon de Satoshi et son premier camarade. Pendant ce temps, Yukinari et Serebii réapparaissent dans le temps présent de Satoshi et courent vers son groupe. Lord Vicious, le plus fort membre du personnel exécutif de l’équipe Team Rocket, désire capturer Serebii. En utilisant la boule noire, une variante de la boule monstre qui corrompt les Pokémon qu’il a attrapés et leur arrache toute leur puissance, Vicious peut transformer des Pokémon innocents en obstacles puissants et effrayants, y compris Serebii lui-même ! Mis dans une position difficile, Satoshi, Yukinari et leurs amis doivent travailler ensemble pour vaincre Vicious et sauver Serebii et eux-mêmes.