Mii Snowdon est laissée seule après la disparition de son père alors qu’elle enquête sur le mystérieux Pokémon en forme de lettre appelé l’Unown. Le seul indice de la disparition de son père est une boîte contenant plusieurs tuiles. En jouant avec ces tuiles, Mii souhaite revoir son père, et ce souhait éveille l’Unown — qui invoque le légendaire Pokémon Entei, semblable à un lion, pour agir comme son père. Pendant ce temps, Satoshi se rend à Greenfield avec son fidèle compagnon Pokémon, Pikachu, pour rencontrer ses amis, Kasumi et Takeshi. Lorsqu’ils atteignent la zone, ils sont choqués de trouver l’endroit cristallisé. Ils apprennent rapidement que les Unown sont responsables de cela, et qu’ils devront être vaincus afin de restaurer Greenfield à sa beauté d’antan. La situation devient personnelle lorsque la mère de Satoshi est enlevée par Entei. Pour découvrir pourquoi sa mère a été enlevée, Satoshi, ses amis et Pokémon doivent parcourir le paysage cristallisé pour affronter Entei et l’Unown.