Une prophétie ancienne raconte un jour où les titans de glace, d’éclairs et de feu seront perturbés. Quand cela se produit, Lugia, le gardien de la mer, se lèvera et rétablira l’harmonie. Enchanté par les paroles de la prophétie, Gelardan, un collectionneur de Pokémon, se met en route avec un plan terrible pour capturer Lugia en poursuivant ces trois titans. Après que Gelardan ait fait son mouvement, un changement climatique drastique commence à se produire, alors que de terribles tempêtes commencent à surgir partout sur la planète. Une de ces tempêtes provoque le navire transportant les entraîneurs Pokémon Satoshi, Kasumi et Kenji à dériver de leur cap et à atterrir sur l’île de Shamouti. En arrivant, Satoshi est informé de l’ancienne prophétie et de son destin d’élu qui aidera Lugia à rétablir l’équilibre dans le monde. Avec le destin du monde entre ses mains, Satoshi doit rassembler le courage d’affronter le chaos qui menace de tout déchirer et d’arrêter Gelardan.