Mitsuha Miyamizu, une lycéenne, aspire à vivre la vie d’un garçon dans la ville animée de Tokyo, un rêve qui contraste fortement avec sa vie actuelle à la campagne. Pendant ce temps dans la ville, Taki Tachibana vit une vie bien remplie en tant que lycéen tout en jonglant avec son travail à temps partiel et espère un avenir en architecture. Un jour, Mitsuha se réveille dans une pièce qui n’est pas la sienne et se retrouve soudainement à vivre la vie de rêve à Tokyo, mais dans le corps de Taki! Ailleurs, Taki vit la vie de Mitsuha dans l’humble campagne. Dans la poursuite d’une réponse à ce phénomène étrange, ils commencent à se chercher les uns les autres. Kimi no Na wa. tourne autour des actions de Mitsuha et Taki, qui commencent à avoir un impact dramatique sur la vie de l’autre, les tissant dans un tissu maintenu ensemble par le destin et les circonstances.