Le crime est intemporel. En 2071, l’humanité s’est étendue à travers la galaxie, remplissant la surface d’autres planètes avec des colonies comme celles de la Terre. Ces nouvelles sociétés sont en proie au meurtre, à la consommation de drogue et au vol, et les hors-la-loi intergalactiques sont chassés par un nombre croissant de chasseurs de primes coriaces. Spike Spiegel et Jet Black poursuivent des criminels dans l’espace pour gagner leur vie. Sous son comportement loufoque et distant, Spike est hanté par le poids de son passé violent. Pendant ce temps, Jet gère ses propres souvenirs troublés tout en prenant soin de Spike et du Bebop, leur navire. Le duo est rejoint par la belle escroc Faye Valentine, l’étrange enfant Edward Wong Hau Pepelu Tivrusky IV, et Ein, un Welsh Corgi bio-ingénieur. Tout en développant des liens et en travaillant pour attraper un casting coloré de criminels, la vie de l’équipe Bebop est perturbée par une menace du passé de Spike. Alors que le complot maniaque d’un rival continue de s’effondrer, Spike doit choisir entre la vie avec sa nouvelle famille ou se venger de ses anciennes blessures.