A.D. 2016, les fondations de l’humanité ont été incinérées par le roi mage Salomon. Chaldea, une organisation secrète de mages avec la mission de préserver l’avenir de l’humanité, a prévu l’extinction de l’humanité en 2015. Ainsi a commencé l’opération pour réparer les Singularités dans l’histoire causées par Saint Graal dispersés à travers le temps et l’espace - Opération Grand Ordre. En utilisant la technologie de voyage dans le temps de Rayshift, le dernier maître de Chaldée, Ritsuka Fujimaru et son demi-serviteur Mash Kyrielight ont voyagé et résolu six Singularités. Maintenant, ils partent pour leur destination la plus dangereuse à ce jour : une civilisation à l’âge des dieux, 2655 Mésopotamie en Colombie-Britannique. Ritsuka et Mash découvrent bientôt que les bêtes démoniaques parcourent le pays, attaquant les gens et les villes. Au milieu du chaos et de la terreur se trouve la dernière défense de l’humanité : Uruk, une ville forteresse qui sert de ligne de front pour la bataille contre les bêtes. Le front est commandé par nul autre que le roi Gilgamesh, le roi des héros, qui a demandé l’aide des esprits héroïques et a pris le rôle d’un mage pour protéger sa ville. Avec Gilgamesh et les serviteurs invoqués, Ritsuka et Mash doivent protéger Uruk contre l’assaut des bêtes magiques et vaincre l’Alliance des Trois Déesses qui vise à éradiquer l’humanité; pendant ce temps, une plus grande menace plane sur Uruk, se préparant à son réveil.