Avec toutes les cartes Clow récupérées et changées en ses propres cartes Sakura, Sakura Kinomoto entre maintenant en première année au collège Tomoeda. Après sa première journée de cours, Sakura retrouve son amour Shaoran Li, qui l’informe qu’il retourne définitivement à Tomoeda. À sa grande surprise, il s’avère même que Shaoran fréquentera la même école et il semble que la vie de Sakura va dans la bonne direction. Cependant, quand Sakura s’endort, elle rencontre dans son rêve une figure mystérieuse masquée et se retrouve entourée de cartes transparentes. Se réveillant dans la peur, Sakura est choquée de voir que son rêve est devenu réalité, avec les cartes Sakura devenues claires. Des rencontres oniriques avec l’ennemi inconnu et l’obtention d’une nouvelle clé magique prépare le terrain pour la dernière aventure de Cardcaptor Sakura!