Les échanges entre les étudiantes de l’Académie Shinyo se concentrent autour d’une entité surnaturelle énigmatique. Cette entité est Boogiepop, un Shinigami qui aurait tué des gens à la hauteur de leur beauté avant que leur allure ne décline. Peu connaissent sa vraie nature : un gardien qui, entre les périodes de dormance, se manifeste comme l’alter ego d’une lycéenne nommée Touka Miyashita pour repousser "les ennemis du monde." Maintenant, une série de disparitions mystérieuses — présumées par l’école être simplement des fugueurs — a provoqué le réveil de Boogiepop. Mais quelque part dans l’académie, une créature menaçante se cache, attendant son moment opportun pour frapper. Boogiepop wa Warawanai explore subtilement les associations intrinsèques entre les êtres humains et leur perception du temps, tout en fouillant dans les relations complexes, les émotions, les souvenirs et le passé de ses personnages.